Charlemagne et plus tard son fils Louis le Débonnaire firent de fréquents séjours à la Villa columbarium, un vaste domaine carolingien bâti sur la plaine du Rhin au bord de la Lauch. Au centre de la villa, une tour abritait un colombier qui a peut-être transmis son nom à la cité : le domaine des colombes se transforme en Columbara puis Colmar. Devenue ville du Saint Empire Romain Germanique, elle recevra de maintes visites de Frédéric Ier Barberousse, ainsi que de Frédéric II, qui lui accorda le statut de “ ville impériale ”, et éleva une enceinte au début du XIIIème siècle. Les colmariens furent d’ailleurs très étonnés de le voir arriver un jour en compagnie de chameaux, eunuques et femmes voilées. Il faut préciser que Frédéric II était également roi de Sicile...
A cette époque, Colmar est en lutte ouverte avec l’évêque de Strasbourg, qui se serait volontiers approprié la prospère petite cité. Jean Roesselmann, fils de tanneur, y est prévôt, au grand dépit des nobles voisins. Ils s’allient à l’évêque en 1261, et chassent Roesselmann. Celui-ci va alors se réfugier chez Rodolphe de Habsbourg, le futur empereur, qui lui prête main-forte et lui permet de réoccuper la ville. Il sera tué l’année suivante dans un engagement avec des troupes de l’évêque qui tentaient de reprendre la cité. Les bourgeois conservent le pouvoir au sein de la municipalité, et assurent la prospérité de la ville.
Le 28 août 1354, Colmar crée avec neuf autres villes alsaciennes la Décapole, qui garantit à ses affiliées secours contre un agresseur ou une difficulté interne, et règlement amiable lorsqu’un problème survient entre elles. La stabilité politique et économique s’installe pour de longues années, comme en témoignent les nombreuses constructions renaissance. Pendant la guerre de Trente Ans, l’empereur exigera le départ des habitants qui avaient adhéré à la Réforme, ce qui causera à Colmar de sérieux désagréments en raison de l’émigration de familles protestantes riches et influentes.
En 1635, la cité s’assurera la protection française, mais restera ville d’Empire. Louis XIV la fera occuper par ses troupes en 1673, et après la victoire de Turenne sur les impériaux en 1675, elle prêtera serment de fidélité au roi de France en 1679.
Colmar eut peu à souffrir de la Révolution, et donnera à Napoléon un de ses plus grands généraux : Jean Rapp.